2003年底，嘉兴市委市政府决策兴建嘉兴科技城。嘉兴科技城全面贯彻实施省委、省政府“引进大院名校，共建创新载体”战略，以引进浙江清华长三角研究院为契机，抢抓历史性机遇，推动人才科研资源集聚，推动区域经济转型升级，开创了自主创新的崭新模式。2004年，浙江中科院应用技术研究院落户。2015年11月嘉兴科技城成为浙江省高新技术产业园区。2017年4月，上海大学（浙江）新兴产业研究院落户，这是嘉兴市“全面接轨上海示范区”战略部署后的一项重要成果。
一、园区规划（双核六园）
（一）双核
1、浙江清华长三角研究院
成立于2003年12月31日，由浙江省人民政府与清华大学签约共建，为正厅级事业单位。依托清华大学的技术、人才为依托，面向国际竞争，面向浙江与长三角地区经济社会发展需求，在先进制造、信息技术、生物医药、生态环境保护、海洋资源开发等领域，设立重点实验室、工程研究中心和博士后流动站，建立国际技术转移中心和继续教育基地，努力将研究院建成国内一流的科技创新、人才培养和高新技术产业化基地。研究院一期工程创业大厦总投资2亿元，建筑面积5.5万平方米。
2、中科院嘉兴应用技术与研究转化中心
成立于2004年11月，由中国科学院和嘉兴市人民政府签约共建，是中科院创新体系布局中的首个平台型工程研发与转化中心。中科院嘉兴中心一期园区总投资1。1亿元，建筑面积3万平方米，二期3万平方米已开始建设。已建成工程中心12个。固定科研人员400余人，市级重点实验室5个，中试生产线19条，研发投入约2。5亿元；组建了12家高科技公司；2008年被科技部评为首批国家技术转移示范机构，评分名列第一。
（二）六园
1、嘉兴科技城嘉兴软件园
成立于2006年8月，一期建筑面积2。3万平方米，已先期入驻26家实力雄厚的软件类及软件培训企业，其中华点软件学院携手IBM、微软、美国卡耐基梅隆大学、清华大学、上海交大等国内外著名企业和大学，于2008年启动了中国第一个IBM软件产品实训项目。
签约引进中国民航信息集团中央企业共用信息服务中心，项目是国资委批准建设的中央企业的共用信息服务基地，提供中性化、标准化、规范化的信息服务，具有国际领先水平。对维护国家信息安全，推进现代服务业，提高信息服务专业化水平具有重要意义。项目位于浙江嘉兴科技城内，占地面积300亩，规划建筑面积18万平方米，总投资30亿元。
2、嘉兴科技城通讯园
2007年5月，通讯园被浙江省信息产业厅批准为“浙江省通讯产业（嘉兴）基地”。通讯园一期暨闻泰手机产业化基地2007年、2008年连续两年稳居国内手机第三方供应商出货量第一。还引进了德晨电子等一批产业链上下游关联企业。建立了总面积超过1000平方米的专业测试实验室，包括元器件确认实验室、音频实验室、ESD实验室、硬件测试实验室、机械可靠性实验室、环境可靠性实验室、模拟用户实验室和用户体验实验室，是目前国内最完善的实验室之一。
3、嘉兴科技城芯片园
嘉兴斯达半导体有限公司的IGBT功率芯片和模块设计开发项目打破欧美的技术封锁和垄断，填补国内空白，成为国内唯一能够实现规模生产的厂商。嘉兴集成电路IC设计创业中心已启动，一期大楼7000平米已建成，目标引进和孵化一批集成电路产业领域的成长性高技术企业。
4、嘉兴科技城材料园（筹）
以国际合作为主要特色，通过与乌克兰国家科学院、俄罗斯科学院西伯利亚分院、远东分院、莫斯科中俄友谊科技园等独联体国家科研机构在新材料领域的合作。中俄技术转化中心的机械化学磨、中科亚美公司承担的镁合金型材产业化项目、海外归国创业团队安能高性能锂电池阳极材料研发项目等一批项目进展顺利。
5、嘉兴科技城生物园（筹）
目标引进世界一流大学建立生物医学及遗传工程开放实验平台，吸引著名生物医学科研机构入驻，共建生物高技术企业并推动产业化，培育具有核心竞争力的骨干生物企业，发展带动创新型中小生物企业，发展一批具有自主知识产权的生物产业化应用的核心关键技术、创新产品和具有较强市场竞争力的优势品牌。
6、嘉兴科技城孵化园
南湖科技创业中心改造、装修了5万平方米的科研、办公、中试、培训等用房，为科研团队和留学归国人员的创业项目和人才培训项目提供相关配套条件和服务。“南湖科创中心二期”暨（孵化园二期）也已启动建设，建筑面积15万平方米，包括中试及孵化厂房、科研办公、教学培训场所、培训基地学员宿舍及配套附属设施，目标建成为全省规模第一、国内一流的区域科技创业中心。
二、六大功能
应用性研发和高技术成果转化，科技创业和孵化，高技术产业示范和知识产业培育，教育培训，技术转移，现代生活新居和生态文明新城。嘉兴科技城按照“高起点规划、高品位建设、高水平集聚”的原则，一期核心功能区规划面积3.65平方公里，以技术研发、科技孵化、产业示范、教育培训、科技商贸、生活服务为主，目标建成为区域技术、信息、人才最为集中的核心高地。二期规划拓展至10.66平方公里，围绕科技企业孵化、高技术产业化和教育培训，布局科技成果转化基地和产业示范基地。
一期核心功能区逐步形成以清华、中科院为龙头，软件园、通讯园、芯片园、材料园、生物园、孵化园蓬勃发展的“双核六园”格局。入驻各类机构过百家，引进博士、硕士250多名，海外留学归国人员近百人。自身技工贸总收入自2006年2600万元至2008年17亿元，两年增长逾60倍。
根据“五年成势、八年成型、十年成城”的中长期规划，到2015年，以嘉兴科技城为核心的嘉兴市南湖区计划实现产值800亿元，并以此带动全省相关产业产值2000亿元以上，真正成为嘉兴市打造省区域创新体系副中心的主平台和核心区。